No Amazon Quest, o jogador irá explorar o grande rio Amazonas e seus afluentes, administrando e comercializando recursos. O objetivo é mapear toda a região amazônica em um barco que chega a muitas cidades, vilas e tribos ao longo da bacia amazônica. O jogador deve completar 3 níveis para obter recursos valiosos que serão usados durante a jornada para chegar a outros lugares. A selva não facilitará a exploração, o jogador enfrentará animais perigosos e algumas doenças tropicais.

Amazon Quest é um jogo educativo cheio de história. A jornada do jogo se situa por volta de 1910, e traz muitos elementos históricos que são muito inspirados na Expedição Científica Roosevelt–Rondon em 1913. Todo esse pano de fundo histórico é envolto no jogo por diversos componentes culturais, antropológicos e ecológicos. O jogador reunirá todas essas informações em um diário interagindo com pessoas, animais e plantas.